司法鉴定是科学的，但并不是任何鉴定方法都是科学的，有些方法是伪科学。任何一种科学的检验、鉴定方法，应该由国家有关部门认可、行业内公认，以确保鉴定证据的客观、科学、公正，进而确保审判的公正。
鉴定方法不科学，可能产生错误的鉴定结果。例如，薄层色谱是快速分离和定性分析微量物质的一种很重要的实验技术，意味着用该实验方法只能表明检材和样本中的印油等物质的性状相同与否，而与检材、样本的形成时间并无太大关联。这种貌似科学的鉴定方法，以及明示只要给够钱，想要什么时间就可以鉴定什么时间的承诺，都必须引起高度警惕。
笔迹书写形成时间鉴定是公认的世界性难题，虽然部分问题已经能够解决，但精确度不高。
由于这项检验的高复杂性、高风险性，对于纯蓝钢笔、碳素钢笔、签字笔、复写纸等书写色料字迹的时间检验，国内外都在积极研究，但目前尚无公开公布的准确性研究成果。
书写形成时间的鉴定分得很细，对各色圆珠笔、蓝黑墨水、签字笔、碳素墨水、普通雕刻印章、原子印章、复写纸等鉴定方法各不相同，鉴定成功率、准确度各不一样。
对每一种色料的时间鉴定，各个地方均有所长，甚至所依据的理论都不一样，更不用说检验方法。
笔迹形成时间的鉴定目前从技术上虽无法精确，但可以从以下几个方面鉴定：
1.通过对不同笔迹墨水成分进行鉴定，可以判断其是否为同一支笔书写，或者是否同人同笔一次性书写完成。如不是，可看作为伪造的依据。
2.如果笔迹和印章或指纹有交叉、重叠的地方，从仪器设备和显微镜可以看出是先捺印还是先写字，可以做朱墨时序鉴定。
3.根据提供的检材具体情况来判断，可以鉴定文件不同部位的形成先后顺序，比如有些是先在空白纸签名，后来被人补上一些内容。
三、笔迹的形成时间无法准确鉴定，但为何印章的形成时间鉴定却能够被认可？
对于印章印文的盖印时间检验，分为物理方法和化学方法。
物理方法是指根据印章印文的阶段性表现特征来推断印文的实际盖印时间。主要可以根据以下特征：印章的坏损、磨损、磕碰、修补，人为记号等。这些特征在某一个特定时间开始出现，可以作为判断盖印时间的重要依据，也是最可靠的检验方法。比较不易掌握的还有印章上粘有的疵点、杂物的阶段性变化情况。这种方法也是一种相对检验法，需要提供足够的作为比对样本的印章印文。
化学方法也同样需要同时间段的比对样本印文。只是切取一部分（通常0.5-1cm边框）印文，利用薄层扫描来分析检材与哪个时间的样本接近。两种方式的鉴定难度都很大，比较复杂，需要对每一个样本都去比对，时间也会比较长。
四、相关司法鉴定管理规定
最高院对司法鉴定管理有一些规定，最高人民法院和司法部联合出台《关于建立司法鉴定管理与使用衔接机制的意见》（以下简称《意见》），要求各级人民法院和各级司法行政机关根据《全国人民代表大会常务委员会关于司法鉴定管理问题的决定》，进一步规范司法鉴定工作，充分发挥司法鉴定作用，提高司法鉴定质量。
《意见》要求，司法行政机关要严格履行登记管理职能，切实加强对法医类、物证类、声像资料、环境损害司法鉴定等鉴定事项的管理，严格把握鉴定机构和鉴定人准入标准，加强对鉴定能力和质量的管理，规范鉴定行为，强化执业监管，推动司法鉴定工作依法有序进行。
人民法院要规范鉴定委托，完善鉴定材料的移交程序，规范技术性证据审查工作，规范庭审质证程序，指导和保障鉴定人出庭作证，加强审查判断鉴定意见的能力，确保司法公正。人民法院和司法行政机关要建立常态化的沟通协调机制和信息交流机制，协调解决司法鉴定委托与受理、鉴定人出庭作证等实践中的突出问题，不断健全完善相关制度。
自然人因纠纷无法解决时会通过诉讼维权，为了保证案件能够顺利审理，可能会对相关证据进行司法鉴定。在选择司法鉴定机构时，一定要选择正规合法的司法鉴定机构，以确保自身权益不受侵害。
最高人民法院司法行政装备管理局关于对外委托文件制成时间鉴定有关事项的通知
【法司〔2008〕12号】
各省、自治区、直辖市高级人民法院司法技术辅助部门，新疆维吾尔自治区高级人民法院生产建设兵团分院司法行政装备处：
近日，部分法院司法技术辅助部门来电来函请示关于对外委托文件制成时间鉴定的有关事宜。经研究，现将有关问题通知如下：
一、一般情况，对外委托文件制成时间鉴定时，应要求送检单位提供比对的样本。若送检单位不能提供样本，目前只有少数鉴定机构用多次测定法能鉴定三个月以内的制成文件；极个别公安部门的鉴定机构能鉴定六个月以内的制成文件，由于受各种客观因素的影响，送检鉴定的检出率不高。对此，人民法院的司法技术人员应对委托案件的鉴定条件和鉴定机构的资质、能力进行审查，对落款时间和怀疑时间超过六个月的，要求送检单位必须提供比对的样本。
二、由于检材与样本在纸张、墨水、油墨、保存环境等方面的不同都会对鉴定结果产生决定性影响，鉴定机构自备的样本不可能满足与送检检材在纸张的种类及颜色，墨水、油墨的色料及染料的主要成份，保存环境的温度、湿度等方面都相同。因此，不能使用鉴定机构的自备样本进行文件制成时间鉴定。
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